Принципы подбора элементов систем определяют и методы организационных механизмов. Необходимость обеспечения совместимости, соответствия и соотносительности требует на каждом этапе формирования систем расчленения ее на элементы, а элементов на части таким образом, чтобы обнаружить сочетаемость или несочетаемость с базисом, внутрисистемными и внешними факторами.
Это обстоятельство определяет широкое использование в методологии формирования нового объекта методов структуризации, декомпозиции, десегрегирования. Методы структуризации являются составляющими инструментами организационных моделей.